Měla i jistý podíl na zlomení odporu Štaufské strany v Čechách, která se snažila paralyzovat příklon Václava k Římu. Ta totiž postavila proti králi jeho vlastního syna, Přemysla Otakara II. Anežka zprostředkovala králi v roce 1249 nejen příznivý obrat v pražských městech, ale podílela se také na smírném vyřešení sporu mezi oběma muži, které však bylo pouze dočasné.
Avšak ani v této záležitosti nebyla, jak by se mohlo zdát, Anežka pouhým nástrojem v cizích rukou. Zůstává v ní ještě živé svědomí rodové důstojnosti. Anežka totiž i v době, kdy se její synovec, Přemysl Otakar II., „král železný a zlatý“, ocitá na konci své odvážné i skvělé životní dráhy v boji s chráněncem kurie německým králem Rudolfem Habsburským, stojí pevně na straně Přemyslovců.
A jako by se v této tehdy šestašedesátileté ženě zosobňovalo sebevědomí celé dynastie, přijímá 8. září 1277 do svého kláštera svoji praneteř Kunhutu, kterou byl nucen Přemysl Otakar II. po svém prvním pokoření roku 127619) zasnoubit se synem Rudolfa Habsburského Boleslavem II. Mazovským. A navíc Anežka v době válečného tažení před bitvou na Moravském poli - přestože je král pro svůj odpor proti Rudolfu Habsburskému stižen papežskou klatbou - koná za něho v klášteře modlitby a pobožnosti. Dokonce s takovou intenzitou sleduje v duchu boj nešťastného krále, že v rozhodující chvíli, 26. srpna 1278 upadá v jakousi extázi, odhalující jí v děsivém vidění synovcův pád.20)