O založení vlastního řádu

se Anežka pokusila i s bratrovou pomocí v roce 1237. Avšak starý papež Řehoř už od začátku chápal prvotní motivaci Anežčiny horlivosti. Nepřehlédl však při tom, že se Anežka vzdala hodnosti abatyše a nadále používala pouze titul „starší sestra“. Oželela také špitál a jeho statky, protože jádrem jí navrhovaných pravidel byl návrat k prvotním ideálům františkánské chudoby. Papež, který se před léty sám významně podílel na vzniku řádu svatého Františka, Anežčiny návrhy šetrně odmítl. Pravděpodobně si uvědomoval tehdejší rozdíly mezi původními ideály a skutečnou expanzí řádu po celé Evropě, doprovázenou nemalými majetkovými zisky. Vždyť i Anežka proklamovala na jedné straně návrat k prvotní chudobě - a současně stavěla skvostný raně gotický komplex budov, náležející oběma klášterům a špitálu. A také její rezignace na post představené byla pouze gestem navenek, neboť až do konce svého života udávala v klášteře rozhodující tón. Potvrzuje to i skutečnost, že nová abatyše pražských klarisek byla zvolena až po Anežčině smrti.